Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis manajemen peserta didik berbasis nilai-nilai Islami di Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Mandailing Natal. Oleh karena itu, penelitian ini dilakukan untuk mengetahui 1). Manajemen peserta didik berbasis nilai-nilai Islami di MTsN 2 Mandailing Natal, 2). Penerapan nilai-nilai islam dalam manajemen peserta didik berbasis nilai-nilai Islami di MTsN 2 Mandailing Natal, 3). Faktor-faktor yang mendukung dan menghambat pelakasanaan di MTs Negeri 2 Mandailing Natal. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan jenis penelitian deskriptif. Penelitian di laksanakan di MTs Negeri 2 Mandailing Natal. Sumber data penelitian terdiri dari kepala sekolah, wakil bidang kesiswaan, guru, dan peserta didik. Teknik pengumpulan data dilakukan melalui observasi, wawancara, dan dokumentasi. Teknik keabsahan data dilakukan melalui triagulasi sumber, triagulasi teknik, triagulasi waktu. Data dianalisis melalui proses reduksi data penyajian data, dan penarikan Kesimpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 1).Manajemen peserta didik berbasis nilai-nilai islam di MTs Negeri 2 Mandailing Natal dilaksanakan melalui tahapan perencanaan, pengorganisasian, pelaksanaan, pengawasan dan evaluasi. 2). Nilai-nilai Islami diterapkan mulai dari penerimaan dan pengelolaan peserta didik, kegiatan keagamaan rutin, penegakan disiplindan tata tertib, hingga pembentukan akhlak melalui keteladanan guru, budaya 5S, dan ukhuwah antar peserta didik. 3). Adapun faktor pendukung dalam pelaksanaan manajemen peserta didik berbasis nilai-nilai Islami meliputi kerja sama dan komitmen seluruh warga madrasah, tersedianya fasilitas yang memadai, serta program keagamaan yang terstruktur. Sementara itu, faktor penghambat meliputi kemampuan peserta didik yang berbeda-beda, pengaruh lingkungan sekitar dan perkembangan teknologi. Hambatan tersebut diatasi melalui pembinaan yang berkalunjutan, koordinasi antar pihak, evaluasi rutin, dan peningkatan kerja sama antara madrasah dengan orang tua.