Penelitian ini dimotivasi oleh kesulitan belajar yang dialami siswa kelas X-2 SMA Negeri 3 Panyabungan dalam memahami materi ekosistem. Materi ekosistem memiliki berbagai konsep yang kompleks dan abstrak sehingga sebagian siswa mengalami kesulitan dalam memahami dan menghubungkan konsep-konsep tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan dan mendeskripsikan bentuk kesulitan belajar siswa dalam memahami materi ekosistem, menganalisis faktor-faktor penyebab kesulitan belajar, dan menentukan upaya yang dilakukan untuk mengatasi kesulitan tersebut. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif deskriptif. Penelitian dilakukan di SMA Negeri 3 Panyabungan dari Februari hingga Mei 2026. Sumber data dalam penelitian ini adalah guru Biologi dan siswa kelas X-2, dengan teknik pengumpulan data melalui observasi, wawancara, dan dokumentasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kesulitan belajar siswa terutama ditemukan pada materi siklus biogeokimia, jaring makanan, aliran energi, piramida ekologi, suksesi, hubungan antar komponen ekosistem, dan pemahaman istilah ilmiah. Siswa juga mengalami kesulitan dalam menghubungkan konsep dan memecahkan masalah yang membutuhkan kemampuan memahami dan menganalisis konsep. Faktor-faktor penyebab kesulitan belajar terdiri dari faktor internal dan eksternal. Faktor internal meliputi kesulitan memahami konsep abstrak, konsentrasi yang kurang optimal, kesulitan menghubungkan konsep, dan manajemen waktu belajar yang tidak efektif. Faktor eksternal meliputi metode dan media pembelajaran, kondisi lingkungan belajar, dukungan orang tua, dan pengaruh teman sebaya. Upaya untuk mengatasi kesulitan ini meliputi penggunaan berbagai metode pembelajaran, Pembelajaran Berbasis Masalah (PBL), diskusi kelompok, penyelidikan, praktikum, memanfaatkan lingkungan sekitar sebagai laboratorium alami, menyediakan soal latihan, dan memanfaatkan buku, internet, video pembelajaran, AI, dan diskusi dengan teman sebaya.